В корне слова слон ис­кон­ная фо­не­ма «о», а в слове сон когда-то была глас­ная фо­не­ма «ъ» (ре­ду­ци­ро­ван­ная глас­ная зад­не­го ряда), ко­то­рая в опре­де­лен­ных усло­ви­ях вы­па­да­ла. По­это­му в со­вре­мен­ном языке при из­ме­не­нии слова слон глас­ный звук со­хра­ня­ет­ся (слона, слону и т. п.), а в слове сон он бег­лый (сна, сну и т. д.)